Ξεκινώντας από τον βορρά και προχωρώντας προς το νότο διακρίνονται τέσσερις φυσικές περιοχές που διαφέρουν μεταξύ τους: το Γερμανικό Βαθύπεδο τα Μεσαία Όρητο Σουηβοβαυαρικό Υψίπεδο και οιΓερμανικές Άλπεις
Το Γερμανικό Βαθύπεδο κλείνεται στα νότια από τους ορεινούς όγκους της κεντρικής Ευρώπης ενώ στα βόρεια κατεβαίνει προς τις πεδινές λεκάνες που βρέχονται από τη Βόρεια Θάλασσα και τη Βαλτική Θάλασσα και γενικώς έχει όψη μάλλον ομοιόμορφη.
Τα Μεσαία Όρη δεν έχουν πραγματική μορφολογική ενότητα. Το ίδιο το βόρειο όριο με το βαθύπεδο είναι συχνά ασαφές και μερικές φορές πολύ έντονο με μεγάλες προεξοχές. Στα νότια, στην περιοχή του άνω Δούναβη περίπου, τα Μεσαία Όρη αποτελούν προϊόν πολύπλοκων ορογενετικών και ηπειρογενετικών φαινομένων που ανάγονται στην πρωτογενή εποχή. Ερκύνιες ορογενετικές κινήσεις παραμόρφωσαν έντονα την περιοχή ώστε να καταλήξει σε σειρά πολλών λόφων που σκεπάστηκε πολλές φορές από τα νερά της θάλασσας. Έπειτα από την αλπική ορογένεση, η περιοχή καλύφτηκε από ακανόνιστες οροσειρές που προκάλεσαν τεκτονικές μετατοπίσεις.
Νότια του Δούναβη υψώνεται βαθμιαία το Σουηβοβαυαρικό Υψίπεδο, το οποίο αποτελεί κεντρικό τμήμα της εκτεταμένης περιοχής των υποαλπικών υψωμάτων, που απλώνονται στους πρόποδες των εξωτερικών πλαγιών των Άλπεων, ανάμεσα στη Σαβοΐα και στη λεκάνη της Βιέννης, πλούσια σε βοσκότοπους και δάση κωνοφόρων.
Το γερμανικό τμήμα των Άλπεων αποτελεί στενή λωρίδα μονάχα που αντιστοιχεί στο Βαυαρικό οροπέδιο και τις Βαυαρικές Προάλπεις. Ψηλότερη κορυφή των Γερμανικών Άλπεων και συγχρόνως ολόκληρης της Γερμανίας είναι η Τσούγκσπιτσε στη Βαυαρία, που φτάνει τα 2.962 μ. Η μεγαλύτερη λίμνη είναι λίμνη της Κωνσταντίας στις Άλπεις.
